滅活疫苗通常用福爾馬林處理破壞其感染性

滅活疫苗通常用福爾馬林處理破壞其感染性，所以說是“死的”。現在對人廣泛使用的唯一的滅活病毒疫苗是流感疫苗。滅活的狂犬疫苗在緊急時才使用，其它的象索爾克脊髓灰質炎疫苗和滅活的麻疹疫苗已經被減毒的活疫苗所代替。

現在多數滅活疫苗均是用1:4000甲醛在37℃經長時間的作用，直至沒有剩余感染性但不影響其抗原性和免疫原性。然而，整個過程是經驗性的，對于甲醛或其它滅活劑對病毒滅活的化學作用了解得很少。

一個理想的滅活劑必須對病毒核酸（它具有感染性）有特殊的滅活作用而對其衣殼或蛋白外膜（它具有免疫原性）沒有作用。當然，甲醛不屬于這個范疇，因為它既可通過交聯使蛋白質變性，又可與核苷酸的氨基作用。乙型丙內酯或氧化精胺可能是這類滅活劑的候選者。以核酸為唯一靶子的滅活劑（如羥胺）的一個主要問題是可能誘導突變株，除非每一個核酸分子都被滅活劑擊中幾次或者滅活劑的作用不能產生突變株。在若干種病毒中已知紫外線能產生復數復原作用，因此不能用紫外線照射作為滅活劑。

滅活疫苗最大的困難在于要生產足夠的病毒以提供所需量的有關抗原，還在于接種的途徑要像產生全身抗體一樣有利于促進局部有關抗體的合成。流感病毒疫苗因劑量大常常引起發熱反應，特別是在幼兒。用乙醚或脫氧膽鹽裂解病毒毒粒能克服這些困難，這種“裂解疫苗”，現在已應用。